FC Winterthur U-19 to drużyna piłkarska dla młodych zawodników, którzy nie ukończyli 19 lat. Jest to zespół rezerwowy FC Winterthur, który gra w Swiss Challenge League, drugiej lidze w szwajcarskiej piłce nożnej. Drużyna U-19 bierze udział w Swiss U-19 Promotion League, drugiej lidze w szwajcarskiej piłce nożnej młodzieżowej. FC Winterthur U-19 ma na swoim koncie kilka sukcesów, w tym zwycięstwo w Swiss U-19 Promotion League w sezonie 2016/17. Drużyna ma silną akademię młodzieżową, która wychowała wielu utalentowanych zawodników, którzy przeszli do gry w pierwszym zespole FC Winterthur, a także w innych klubach w Szwajcarii i za granicą.