Carl Zeiss Jena II to niemiecki klub piłkarski z siedzibą w Jenie. Jest to rezerwowa drużyna klubu Carl Zeiss Jena i gra w Regionalliga Nordost, czwartym poziomie niemieckiej piłki nożnej.

Klub został założony w 1966 roku jako BSG Motor Jena i był sekcją piłkarską klubu sportowego Motor Jena. W 1990 roku klub zmienił nazwę na FC Carl Zeiss Jena II i stał się rezerwami pierwszego zespołu.

Carl Zeiss Jena II odnosił sukcesy w Regionalliga Nordost, wygrywając ją dwukrotnie w latach 2006 i 2015. Klub rozgrywa swoje mecze domowe na stadionie Ernst-Abbe-Sportfeld, który jest również obiektem dla pierwszej drużyny.

Znani gracze, którzy reprezentowali Carl Zeiss Jena II, to m.in.:

* Ronny Hebestreit
* Timo Rost
* Toni Wachsmuth
* Maximilian Wolfram
* Elias Huth