Klub został założony w 1967 roku przez grupę entuzjastów piłki nożnej, którzy chcieli stworzyć klub, który reprezentowałby Neapol, największe miasto w Grecji. Klub pierwotnie nazywał się AE Neapolis 1967, ale został później przemianowany na AE Neapolis.

Klub rozpoczął grę w lokalnej lidze, a w 1974 roku awansował do Gamma Ethniki, trzeciego poziomu greckiego systemu ligowego. AE Neapolis spędził wiele lat w Gamma Ethniki, aż w końcu w 1997 roku awansował do Beta Ethniki, drugiego poziomu greckiego systemu ligowego.

Klub spędził w Beta Ethniki sześć lat, zanim spadł z ligi w 2003 roku. AE Neapolis powrócił do Beta Ethniki w 2006 roku i spędził tam kolejne sześć lat, zanim spadł z ligi w 2012 roku.

AE Neapolis obecnie gra w Gamma Ethniki i jest jednym z najsilniejszych klubów w lidze. Klub ma silną bazę kibiców i jest znany ze swojej ofensywnej gry.

AE Neapolis jest również znany ze swojej akademii młodzieżowej, która wyprodukowała wielu utalentowanych piłkarzy, w tym Giorgosa Karagounisa, który grał w reprezentacji Grecji ponad 100 razy.