Flota Świnoujście – polski klub piłkarski z siedzibą w Świnoujściu, występujący w IV lidze, grupie zachodniopomorskiej.
Klub został założony 18 stycznia 1946 roku pod nazwą Flotarze Świnoujście. W 1949 roku zmieniono nazwę na Ogniwo Świnoujście, a w 1955 roku na Flota Świnoujście.
W sezonie 1965/1966 Flota awansowała do II ligi, gdzie spędziła jeden sezon. W sezonie 1979/1980 Flota po raz drugi awansowała do II ligi, gdzie grała przez trzy sezony. W sezonie 1989/1990 Flota po raz trzeci awansowała do II ligi, gdzie grała przez dwa sezony.
W sezonie 1996/1997 Flota po raz pierwszy awansowała do I ligi, gdzie grała przez dwa sezony. W sezonie 1998/1999 Flota po raz drugi awansowała do I ligi, gdzie grała przez jeden sezon.
W sezonie 2002/2003 Flota po raz trzeci awansowała do I ligi, gdzie grała przez trzy sezony. W sezonie 2005/2006 Flota po raz czwarty awansowała do I ligi, gdzie grała przez jeden sezon.
W sezonie 2007/2008 Flota po raz piąty awansowała do I ligi, gdzie grała przez jeden sezon. W sezonie 2009/2010 Flota po raz szósty awansowała do I ligi, gdzie grała przez jeden sezon.
W sezonie 2011/2012 Flota po raz siódmy awansowała do I ligi, gdzie grała przez dwa sezony. W sezonie 2013/2014 Flota po raz ósmy awansowała do I ligi, gdzie grała przez jeden sezon.
W sezonie 2015/2016 Flota po raz dziewiąty awansowała do I ligi, gdzie grała przez jeden sezon. W sezonie 2017/2018 Flota po raz dziesiąty awansowała do I ligi, gdzie grała przez jeden sezon.
W sezonie 2019/2020 Flota po raz jedenasty awansowała do I ligi, gdzie grała przez jeden sezon. W sezonie 2021/2022 Flota po raz dwunasty awansowała do I ligi, gdzie grała przez jeden sezon.
W sezonie 2023/2024 Flota po raz trzynasty awansowała do I ligi, gdzie grała przez jeden sezon.
Największym sukcesem klubu jest 7. miejsce w I lidze w sezonie 1996/1997.